كشفت التحقيقات التي تم تسريبها أن إمرأة إستدرجت المغدور الشيخ أحمد الرفاعي، حيث قامت بالاتصال به طلباً لمساعدة اجتماعية ملحّة وطارئة، محدّدة له الشارع الخلفي لمبنى الجامعة العربية على أوتوستراد الميناء مكاناً للقائه كي يسلّمها المساعدة المطلوبة، وعندما حضر كان علي وعبد الكريم الرفاعي وشخص ثالث بانتظاره، فانهالوا عليه بالضرب وقاموا بتكبيله ونقله بسيارته إلى رأسمسقا في الكورة، حيث أطلقوا عليه النار ففارق الحياة، وبعدئذ وضعوا سيارته بالقرب من مستشفى “الهيكلية”، فيما نقلوا الجثة الى منطقة “القيطع الميتة” في قضاء عكار بمساعدة آخرين.
وبناء على هذه الاعترافات، عمدت شعبة المعلومات إلى توقيف كلّ المشاركين في الجريمة، سواء المرأة التي استدرجته بالاتصال الهاتفي أو من ساعدوا على نقل الجثّة وإخفائها.