أقامت مساجد كثيرة في إندونيسيا صلاة الغائب على روح الشهيد إسماعيل هنية وعلى أرواح شهداء غزة وكل مدن فلسطين، وذلك بدعوة من مجلس العلماء الإندونيسي.
وكان من بين تلك المساجد مسجد الاستقلال الذي يعد الأكبر في العاصمة جاكرتا، والذي أقيمت فيه صلاة الغائب على القائد الفلسطيني الشهيد بحضور رسمي ودبلوماسي وشعبي.
